Zenodo

Módulo 3 · Reprodutibilidade

GitHub é excelente para versionar e colaborar — mas tem uma limitação séria como infraestrutura de arquivamento científico: ele é uma empresa privada (subsidiária da Microsoft desde 2018). Não há garantia formal de que repositórios continuem acessíveis em 30 anos. A política atual diz que sim, mas políticas mudam, empresas mudam de mão, decisões de produto também. Para pesquisa que precisa ser preservada por décadas, com garantia institucional, GitHub não é o lugar.

A solução que a comunidade científica europeia construiu é o Zenodo — repositório de artefatos de pesquisa mantido pelo CERN (European Organization for Nuclear Research, Suíça), em parceria com a OpenAIRE da União Europeia. Lançado em 2013, hoje hospeda milhões de datasets, código, artigos, apresentações, vídeos e qualquer outro tipo de artefato científico. É gratuito, com garantia de preservação por pelo menos 20 anos, e emite DOI para tudo que recebe.

Este capítulo explica o que Zenodo é, por que ele importa, e como integrá-lo ao fluxo de pesquisa que vimos até aqui.

A história e o contexto

O CERN é uma das instituições científicas mais antigas e respeitadas do mundo — fundado em 1954, palco da descoberta do bóson de Higgs em 2012, lugar onde Tim Berners-Lee inventou a World Wide Web em 1989. Tem infraestrutura computacional massiva para acomodar petabytes de dados de física de partículas, e — crucialmente — um compromisso institucional permanente com preservação de dados científicos.

Em 2013, com financiamento da Comissão Europeia (programa OpenAIRE), o CERN lançou o Zenodo — uma plataforma para que pesquisadores de qualquer área, em qualquer parte do mundo, depositem artefatos científicos para preservação a longo prazo. A motivação era explícita: havia muito repositório especializado (GenBank para sequências genéticas, ICPSR para ciências sociais), mas faltava lugar genérico, gratuito, e confiável para o pesquisador médio depositar dados, código, slides, ou qualquer coisa.

A trajetória desde 2013 foi de crescimento estável. Em 2026, Zenodo hospeda mais de 3 milhões de registros, com taxa de crescimento que dobra a cada poucos anos. Virou parte da infraestrutura de fato de ciência aberta — quando uma revista exige “deposite seus dados num repositório citável”, Zenodo é resposta padrão.

O que torna Zenodo adequado

Cinco características específicas:

1. Gratuito, sem limite prático. Não há custo. Limites técnicos: 50 GB por registro (com pedido especial pode-se subir mais), sem limite de número de registros. Para pesquisa típica em saúde, capacidade é folgada.

2. Garantia de preservação institucional. O Zenodo está sob mandato do CERN e da OpenAIRE/UE. Compromisso público de pelo menos 20 anos de preservação, com plano de transferência caso o serviço seja descontinuado. Se o CERN deixar de operar (improvável), há acordos para transferir o conteúdo para outras instituições europeias de preservação.

3. DOI para tudo. Cada registro recebe um DOI emitido via DataCite (capítulo 05-doi). Esse DOI é citável em artigos, indexável em buscas, e — crucialmente — persistente: o link nunca muda, mesmo se o registro for atualizado.

4. Versionamento de registros. Diferente de GitHub (que versiona código), Zenodo versiona registros completos. Cada versão tem DOI próprio, mas há um “DOI conceito” que aponta sempre para a versão mais recente. Permite citar versão específica ou “última versão” conforme apropriado.

5. Integração com GitHub. A peça que torna o fluxo prático: você pode conectar repositório GitHub ao Zenodo, e cada release no GitHub vira automaticamente um registro Zenodo com DOI. Sem trabalho manual extra.

A integração GitHub → Zenodo

O caso de uso central para pesquisa em saúde. O fluxo:

1. Login no Zenodo com sua conta GitHub. Vai em zenodo.org, escolhe “Sign up via GitHub”.
2. Ativa a integração para um repositório. Em Zenodo: Settings → GitHub → encontra seu repositório → flip do switch para “On”.
3. Faz uma release no GitHub. Quando seu projeto chega em estado “publicável” (compêndio finalizado, paper submetido), você marca uma versão estável: GitHub → Releases → Create new release → digita versão (v1.0.0) → Publish release.
4. Zenodo automaticamente cria o registro. Em poucos minutos, um registro Zenodo aparece com:
   • Nome, autor, descrição (importados do repositório).
   • Arquivo .zip do repositório no momento da release.
   • DOI emitido.
5. Você cita o DOI no artigo. No manuscrito: “Code and analysis available at [DOI do Zenodo].”

A genialidade do fluxo: zero esforço extra. Você já estava commitando no GitHub. Você já marcava releases. Tudo o que muda é que agora cada release vira artefato preservado a longo prazo, citável, FAIR-compatível.

DicaComo configurar o registro Zenodo

Antes da primeira release, vale ajustar dois arquivos no repositório que o Zenodo lê:

.zenodo.json — metadados explícitos:

{
  "title": "Análise de coorte: efeitos de antihipertensivo X",
  "description": "Compêndio reproduzível do artigo Silva et al. 2026.",
  "creators": [
    {"name": "Silva, Henrique", "orcid": "0000-0001-2345-6789"},
    {"name": "Costa, Maria"}
  ],
  "license": "MIT",
  "keywords": ["epidemiologia", "hipertensão", "coorte"],
  "related_identifiers": [
    {"identifier": "10.1234/jama.2026.001", "relation": "isSupplementTo", "scheme": "doi"}
  ]
}

CITATION.cff — arquivo padrão de citação (cap. 05).

Esses dois arquivos garantem que metadados na release sejam ricos e corretos. Sem eles, Zenodo importa o mínimo e você precisa editar manualmente.

Tipos de upload

Zenodo aceita praticamente qualquer artefato:

Tipo	Exemplos
Dataset	CSV, Parquet, banco SQLite, FASTQ
Software	Repositório GitHub via release (caso típico)
Publication	Artigo (preprint), tese, capítulo de livro
Poster	PDF de poster apresentado em congresso
Presentation	Slides PDF/PPTX
Video/Audio	Aulas, palestras, demos
Image	Figuras, infográficos
Other	Qualquer outro artefato científico

Não há restrição de tema — Zenodo é generalista por design.

Limites e cuidados

Algumas coisas para saber:

1. Uma vez publicado, não dá para editar arquivos. Zenodo aplica princípio de imutabilidade. Você pode publicar nova versão (com DOI próprio, mantendo histórico), mas não modificar arquivos da versão antiga. Isso é proposital — preservação científica exige imutabilidade.

2. Metadados podem ser editados. Diferente dos arquivos, metadados (título, descrição, autores) você pode atualizar a qualquer momento. Útil para corrigir typos, adicionar coautor que faltou.

3. Tamanho de 50 GB por registro é limite normal. Se sua pesquisa tem dados grandes (genômica, neuroimagem), peça aumento via formulário oficial. Casos legítimos são aprovados.

4. Não é depósito de dados sensíveis identificáveis. Zenodo é público por padrão. Há opção de “Restricted Access” mas é desencorajada para datasets clínicos identificáveis. Para PHI, use repositórios institucionais ou plataformas especializadas (PhysioNet para ECG/UTI, MIMIC para EHR).

5. Licença é decidida no momento da publicação. Zenodo apresenta lista padrão (CC BY, CC0, MIT, GPL, etc.). Escolha bem — uma vez publicada, mudança requer nova versão.

Alternativas e quando usar cada

Zenodo não é o único:

Repositório	Caráter	Quando preferir
Zenodo	Generalista, CERN, gratuito	Default — sem razão específica para outro
Figshare	Generalista, comercial (Digital Science)	Compatível, alguns institutos têm acordo
OSF (Open Science Framework)	Foco em ciências sociais e psicologia	Para projetos colaborativos com pré-registro
Dryad	Específico para datasets associados a artigos	Para datasets que acompanham artigos peer-reviewed
PhysioNet	Específico para fisiologia / sinais médicos	ECG, UTI, prontuários de UTI (MIMIC)
GenBank, ENA	Específico para sequências genéticas	Bioinformática (uso obrigatório por convenção do campo)
Repositórios institucionais brasileiros	Por universidade	Quando exigido por política institucional

Para pesquisa médica generalista, Zenodo é a escolha padrão. Para subáreas específicas (genômica, neuroimagem), há repositórios especializados que valem mais.

Conexão com IA

Agentes ajudam com Zenodo em três frentes:

1. Geração de .zenodo.json e CITATION.cff. Você cola o README, agente extrai metadados (autores, descrição, keywords) e gera os dois arquivos no formato correto.

2. Identificação de licença apropriada. “Vou depositar dados de coorte (anonimizados) e código R de análise. Que licença é apropriada?” — agente explica trade-offs entre CC BY, CC0, CC BY-NC, com contexto de pesquisa em saúde.

3. Diagnóstico de problemas de release. Se Zenodo não importou o registro automaticamente após release no GitHub, agente investiga (integração não ativada, repositório privado, problema de webhook) e sugere correção.

O que vem a seguir

Zenodo emite DOI para cada artefato. Mas o que é DOI exatamente, de onde veio, e como ele se diferencia de URL? E quando vale citar código com DOI em vez de só artigo? O próximo capítulo trata especificamente do DOI como identificador persistente em ciência.

→ 05 · DOI